药学部是南京鼓楼医院集团安庆市石化医院院级重点学科、安庆市药学会医院药学专业委员会主任委员单位。现有高级职称7人（正高1人，副高6人）,中级职称15人,初级职称10人，其中国家执业药师18人，临床药师6人。研究生（含在职）2人，本科生22人。

药学部下设临床药学室、治疗药物监测室、前置处方审核中心、门诊西药房、门诊中药房、住院药房、药库、制剂室（委托配制）等岗位。科室制度健全,设施完备,管理规范,药品质量可靠，先后加入了南京鼓楼医院互联网+药学专科联盟、金陵药业医院药学技术联盟。2000年被安庆市卫生局首批授予“放心药房”，2012年被安庆市药物不良反应监测中心评为“药物不良反应监测工作先进单位”，2016年被安庆市药监局、安庆市卫健委授予“规范药房”称号。2024年通过安徽省规范药房创建。

科室注重临床合理用药工作，积极有效开展药物动态监控与超常预警，先后加入药品不良反应、抗菌药物临床应用、临床安全用药等监测网。定期开展和参与门诊处方及医嘱点评，临床药师上临床开展临床药学工作，积极参与危、急、重病例讨论并提供治疗方案。加快精准用药建设，治疗药物监测室可独立开展抗凝药物（氯吡格雷、阿司匹林、肝素等）、降糖药物（二甲双胍、磺脲类、DPP-4抑制剂）、他汀类调脂药物等基因检测，有效指导了临床合理用药，间接节约了医保基金。2024年底，设立药学门诊（每周一下午），纳入门诊部统一管理，为患者进行药物重整和用药指导。加强医教研全面发展，2019年开始承担安庆医药高等专科学校部分专业课教学任务，规范药学专业实习生院内带教。

药学部研制的烧（烫）伤外用药（制痂酊、十四味连黄烧伤软膏)为我院特色制剂,疗效独特,享有良好声誉。相关研究项目先后荣获安庆市科技成果三等奖2项。养血祛瘀验方基础研究相关课题先后荣获得获安庆市科学技术二等奖和安徽省中医药科技三等奖。养血祛瘀验方临床研究和制剂申报仍在进行中。安徽省红十字会中医药传承创新发展研究项目《十四味连黄烧伤软膏的包材、质量标准及适应症临床研究》（项目批准号为2021ZYYB25）已结题。安庆市科技局卫生类科研项目《药物治疗管理在慢阻肺患者治疗中的应用效果》、《头孢他啶/阿维巴坦治疗碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌肺部感染疗效与安全性评价》在研中。截止2025年，全科发表专业论文40余篇，其中SCI 4篇。获发明专利2项，出版专著2部。